Cha mẹ Cohn-Bendit là người Do Thái. Cha ông Erich Cohn-Bendit (1902–1959) là một luật sư ở Berlin và là một Trotzkist tích cực. 1933 vì Đức Quốc xã cha mẹ ông đã phải chạy khỏi nước Đức sang sống ở Paris, Pháp. Một số thân nhân của họ là người Do Thái ở Berlin đã bị đi đầy 1942/43 tới Riga và chết hoặc bị giết chết ở đó.[2] Từ 1936 Erich Cohn-Bendit thuộc nhóm bạn bè thân cận của nữ triết gia Do Thái Hannah Arendt, những cuốn sách của bà sau này có ảnh hưởng lớn đến Daniel.[3]